中央生态环境保护督察的组织机构是中央生态环境保护督察工作领导小组（以下简称领导小组），由领导小组负责组织协调推动中央生态环境保护督察工作，领导小组组长、副组长由党中央、国务院研究确定。领导小组有8个组成部门，包括中共中央办公厅、中央组织部、中央宣传部、国务院办公厅、司法部、生态环境部、审计署和最高人民检察院。中央生态环境保护督察办公室设在生态环境部，负责领导小组的日常工作，承担中央生态环境保护督察的具体组织实施工作。这种协调机制和领导机构的设立，有利于强化督察的权威，确保督察形成的报告、结论有效运用，有利于把生态文明建设和生态环境保护的政治责任进一步夯实，进一步落实到位。